Ante la necesidad de optimizar los recursos e incrementar la capacitación del personal militar y civil en la producción de inteligencia militar de carácter específico, como así también en el ámbito conjunto, el comité de Jefes de Estado Mayor (COMIJEM), acordó en febrero de 2000, la conveniencia de unificar las Escuelas de Inteligencia de las respectivas Fuerzas Armadas. En virtud de ello, el 10 de marzo de 2000, el Ministro de Defensa firmó la Resolución Nro. 200 por la cual se crea el Instituto de Inteligencia de las Fuerzas Armadas (IIFFAA), quedando desactivadas a partir del 31 de diciembre de 2000, las escuelas de Inteligencia de cada Fuerza. En febrero de 2001, se unificaron las bibliotecas de las Escuelas de Inteligencia de Fuerza Aérea, Armada y Ejército, quedando así, formada la Biblioteca del Instituto de Inteligencia, que se encuentra en las instalaciones del Instituto Geográfico Nacional cito en Av. Cabildo 381.
La Biblioteca se especializa en Inteligencia Militar y es de carácter público. Proporciona al personal directivo, docentes, cursantes, personal civil y a la comunidad que la circunda, el apoyo del material bibliográfico de las tres fuerzas, que se requiera para satisfacer las necesidades de información de la enseñanza y/o aprendizaje. Actualmente cuenta con 3.450 libros y publicaciones periódicas. Integra la Red de Bibliotecas de las Fuerzas Armadas (REBIFA) junto con otras 64 bibliotecas participantes, donde posee su catálogo en línea. El Instituto de Inteligencia esta adherido al Repositorio Digital Institucional del Centro Educativo de las Fuerzas Armadas “CEFADIGITAL” en el cual brindamos el acceso a la producción intelectual académica.